Die Geschlechtsorgane des Mannes werden üblicherweise in innere und äußere Geschlechtsorgane unterteilt. Auf den ersten Blick ist es verwirrend, dass die Hoden dabei zu den inneren männlichen Geschlechtsorganen gezählt werden. Das liegt aber daran, dass die Hoden erst nach der Geburt aus dem Bauchraum in den Hodensack absteigen. Die inneren Geschlechtsorgane des Mannes sind die Hoden, die Nebenhoden und der Samenleiter, die äußeren Geschlechtsorgane sind Penis und Hodensack (Scrotum).
Der Penis wächst an der Peniswurzel im Beckenbereich "aus dem Körper heraus" und endet in der Eichel (Glans). Die empfindliche Eichel wird üblicherweise von der Vorhaut beschützt, die allerdings in manchen Kulturkreisen routinemäßig bereits kurz nach der Geburt entfernt wird (Beschneidung). An der Spitze der Eichel befindet sich die Harnröhrenöffnung.
Der Penis verfügt über drei Schwellkörper, zwei an der Oberseite und einer an der Unterseite, die sich bei sexueller Erregung mit Blut füllen und so das normalerweise weiche Glied versteifen. So wird das Eindringen des Penis in die Scheide ermöglicht.
Am Ansatz des Penis finden sich auch die zwei etwa pflaumengroßen Hoden, die zusammen im Hodensack liegen. Ihre Aufgabe ist es Spermien zu produzieren und auch Geschlechtshormone. Die Hoden befinden sich während der Schwangerschaft noch im Unterleib des Kindes und wandern etwa um den Zeitpunkt der Geburt in den Hodensack. Bleibt der Abstieg sehr lange aus (bis spätestens zum Ende des ersten Lebensjahrs), ist eine spätere Unfruchtbarkeit möglich.
Außer den Hoden enthält der Hodensack, der ab der Pubertät behaart ist, auch noch die Nebenhoden und den Anfang des Samenleiters. Der Grund für die verletzlich anmutende Lage des Hodensacks: Außerhalb des Körpers herrschen für die Spermien günstigere Temperaturen, die wenige Grad höhere Temperatur innerhalb des Körpers würde die Fruchtbarkeit einschränken. Wird es allerdings zu kalt, zieht der Hodensack sich zusammen und somit näher an den Körper. So wird eine recht gleich bleibende Temperatur der Hoden sichergestellt.
In den flach auf den Hoden aufliegenden Nebenhoden werden die in den Samenkanälchen der Hoden produzierten Samenzellen gelagert, die bei Bedarf über den Samenleiter und die Harnröhre aus dem Penis hinaustransportiert werden. Ein Austreten von Urin ist dabei ausgeschlossen, da bei sexueller Erregung die Verbindung zur Blase verschlossen wird.
Hinter der Harnblase liegen die zwei Bläschendrüsen, die dem Sperma im Samenleiter ein stark zuckerhaltiges Sekret zufügt, das die Spermien ernährt und bewegungsfähiger macht. Ähnlich verhält es sich mit der etwa kastaniengroßen Vorsteherdrüse (Prostata), die sich unterhalb der Blase am Anfang des Samenleiters findet. Auch sie steuert ein Sekret bei, das die Spermien beweglicher und befruchtungsfähiger macht.
Unterhalb der Prostata liegen die beiden Cowper-Drüsen, die ihrerseits noch ein Sekret in das Sperma geben, das die Samenzellen unempfindlicher gegen das saure Milieu in der Scheide macht und so die Überlebenschancen verbessert.
Die durchschnittlich bei einem Samenerguss ausgeschüttete Flüssigkeitsmenge beträgt etwa zwei bis sechs Milliliter. Die darin tatsächlich enthaltene Anzahl von Samenzellen kann zwischen 40 und 900 Millionen schwanken.
Die männlichen Geschlechtsorgane sind wie ihre weiblichen Gegenstücke darauf ausgelegt, während des Geschlechtsverkehrs die Chancen auf eine erfolgreiche Befruchtung zu optimieren. Wenn sich der Penis in der Scheide befindet, befördert er während des Orgasmus und dem damit verbundenen Samenerguss die Spermien so nahe wie nur möglich an den Muttermund. So können die Samenzellen ihren Weg zum Eileiter antreten, um dort eine Eizelle zu befruchten.