Die medikamentöse Abtreibung erfolgt mit einer "Abtreibungspille" dem Wirkstoff Mifepriston. Er wirkt dem Progesteron entgegen, weswegen sich nach der Einnahme des Mittels der Muttermund öffnet.
Danach nimmt die Frau ein weiteres Mittel (das Hormon Prostaglandin), das die Gebärmutter dazu bringt sich zusammenzuziehen und die Schleimhaut und den Embryo abzustoßen. Nach der Einnahme der zweiten Tablette bleibt die Schwangere unter ärztlicher Aufsicht. Nach drei bis vier Stunden wird bei der Mehrheit der Frauen der Embryo abgestoßen.
Unter idealen Umständen löst das Medikament einen Vorgang aus, der einem natürlich vorkommendem Spontanabort oder auch einer besonders starken Regelblutung ähnelt. Viele Frauen nehmen diese Methode als schonender für ihren Körper wahr.
In etwa 5 – 10 % aller Fälle ist die medikamentöse Abtreibung nicht erfolgreich. Dann erhält die Frau eine zweite oder gar dritte Gabe Prostaglandin. Möglicherweise verbleibt soviel Gewebe in der Gebärmutter, dass chirurgisch nachgearbeitet werden muss. Dies wird gegebenenfalls bei der Nachuntersuchung festgestellt, die ein bis zwei Wochen nach dem Vorgang erforderlich ist.
Auch wenn nach einer medikamentösen Abtreibung noch eine Absaugung oder Kürettage vorgenommen werden muss, wird die Frist nicht überschritten, da der Schwangerschaftsabbruch mit Medikamenten in Deutschland nur bis zur neunten Woche möglich ist. Für medizinisch notwendige Abbrüche ist Mifepriston auch später in der Schwangerschaft zugelassen.